Pod koniec XIX wieku reiki została ponownie odkryta przez japońskiego mnicha, doktora Mikao Usui. W latach czterdziestych tego wieku Hawayo Takata, jedna z jego następczyń, przeniosła wiedzę o reiki na kontynent amerykański. Ona też jest autorką legendy o Mikao Usui i o sposobie wskrzeszenia Reiki.

Doktor Mikao Usui był rektorem małego chrześcijańskiego uniwersytetu Doshisha w Kioto. Pewnego razu grupa studentów zapytała go, czy wierzy we wszystko, o czym mówi Biblia. Po uzyskaniu odpowiedzi twierdzącej studenci zadali doktorowi Usui następne pytanie, czy może wytłumaczyć im, w jaki sposób Jezus Chrystus dokonywał cudów uzdrawiania poprzez dotykanie rękoma potrzebujących pomocy. Na to pytanie doktor Usui nie potrafił udzielić im odpowiedzi.

Według tradycji japońskiej nauczyciel, który nie umie odpowiedzieć na pytanie swoich uczniów, powinien zaprzestać nauczania i poświęcić się poszukiwaniu odpowiedzi. Doktor Usui zrezygnował więc z prowadzenia katedry i wyjechał do Chicago, aby studiować na tamtejszym uniwersytecie i szukać rozwiązania nurtującego go problemu.

Już wkrótce zorientował się jednak, że nie znajdzie tam odpowiedzi, i wrócił do Japonii. Tutaj zaczął pilnie uczyć się chińskiego i sanskrytu, starego języka hinduskiego, aby móc czytać święte pisma (sutry). Rozpoczął jednocześnie wędrówkę po klasztorach buddyjskich w nadziei znalezienia tam informacji na temat leczenia przez kładzenie rąk.

W rozmowach z przełożonymi klasztorów dowiedział się co prawda, iż metoda taka była w dawnych czasach stosowana, że leczył w ten sposób również sam Budda, wiedza o niej zaginęła jednak już przed wieloma setkami lat. Buddyzm już od dłuższego czasu koncentrował się prawie wyłącznie na rozwijaniu duszy i tematy łączenia ciała nie leżały w bezpośredniej sferze jego zainteresowań. Niemniej jednak pozwolono doktorowi Usui studiować znajdujące się tam święte pisma.

Po kilku latach Mikao Usui dotarł do pewnego klasztoru zen, którego przełożony sam był zainteresowany energetyczną metodą leczenia. Po dłuższym studiowaniu pism doktor Usui znalazł wreszcie informacje na temat stosowania tej techniki uzdrawiania. Niestety, nie mógł wykorzystać tej wiedzy, ponieważ brakowało mu osiągnięcia stanu, w którym uniwersalna energia mogłaby swobodnie przepływać przez jego ciało.
W świętych pismach znajdował się jednak również opis metody, za pomocą której można było zdobyć wtajemniczenie.

Po rozmowie z zaprzyjaźnionym przełożonym klasztoru doktor Usui postanowił zastosować się do tych wskazówek i wyruszył na specjalne miejsce siły, świętą górę Kurijama, aby medytować i pościć tam przez 21 dni. Po dotarciu na miejsce ułożył wokół siebie 21 kamieni. Każdego wieczora wyrzucał jeden kamień.

Mikao Usui siedział już dwadzieścia dni na świętej górze i czekał na natchnienie. Niestety, jak dotąd nie otrzymał żadnego znaku od sił wyższych. Nadeszła ostatnia, dwudziesta pierwsza noc.

W środku nocy, gdy ciemność osiągnęła największą głębię, nagle zobaczył, że zbliża się do niego z góry promień światła. Instynktownie poczuł, że światło to zawiera w sobie świadomość. Chwilę później promień uderzył go w czoło. Był tak silny, że Mikao Usui stracił przytomność i jego dusza opuściła ciało.

W tym stanie ujrzał przed sobą mieniące się barwami tęczy bańki zawierające nieznane mu symbole. Gdy się im przyglądał, światło dokonywało w nim inicjacji i dostrojenia go do każdego ze świętych symboli reiki. Wraz z tymi symbolami otrzymał klucze do energii Boskiej Miłości. Były to narodziny systemu Usui-Reiki.

Po inicjacji, która dokonała się na świętej górze Kurijama, doktor Usui udał się pospiesznie w drogę powrotną. Schodząc wąską ścieżką potknął się o wystający kamień i zranił głęboko i boleśnie w palec u nogi. W pierwszym odruchu położył instynktownie rękę na krwawiącą ranę i ku swemu zdumieniu stwierdził, że szybko przestała krwawić. Był to pierwszy znak działania reiki.

Przy drodze znajdowała się mała restauracja. Mikao Usui wstąpił do niej, by posilić się po 21 dniach postu. Gdy zamówił suty posiłek, właściciel restauracji - widząc po ubiorze podróżnego, że wraca ze świętej góry - ostrzegł go przed obfitym jedzeniem, obawiając się, że może mnichowi zaszkodzić. Doktor Usui nalegał jednak, więc podał mu zamówiony posiłek. Ku zdumieniu właściciela nie doszło jednak do żadnych sensacji. Był to już drugi znak działania reiki.

Jedzenie podawała córka właściciela. Jej twarz była spuchnięta i przewiązana chustą. Dziewczyna bardzo cierpiała z powodu bólu zęba. Mikao Usui zapytał ją czy może położyć rękę na jej policzku. Wkrótce po dotknięciu opuchlizna ustąpiła i ból przeszedł. Teraz doktor Usui był już całkiem pewny, że osiągnął cel, jaki sobie założył - odkrycie tajemnicy uzdrawiania dłońmi.

Po powrocie do klasztoru Mikao Usui zastał swojego przyjaciela, przełożonego, w łóżku z ciężkim atakiem artretyzmu. Położył mu ręce na bolące kolana i wkrótce dolegliwości ustąpiły.

Niedługo potem doktor Usui przeniósł się do dzielnicy żebraków w Kioto i zaczął uzdrawiać ich za pomocą reiki. Jeden po drugim wracali dzięki działaniu Uniwersalnej Energii życiowej do normalnego życia.

Po kilku latach Mikao Usui spotkał na ulicy żebraka, którego twarz wydala mu się dziwnie znajoma. Zapytał go więc, skąd go zna, i otrzymał odpowiedź, iż był on jednym z pierwszych ludzi, których uleczył w tej dzielnicy. Żebrak wyjaśnił mu również, że wrócił do poprzedniego trybu życia, ponieważ łatwiej jest żebrać, niż prowadzić normalne, odpowiedzialne życie.

Doktor Usui zrozumiał wtedy, że nie wystarczy jedynie uzdrowić ciało, aby zmienić człowieka. Równie ważne jest wyleczenie ducha i przejęcie przez nas odpowiedzialności za nasze życie. Zdał sobie również sprawę z tego, iż bezpłatne leczenie nie jest odpowiednio doceniane. Uznał więc, że przekazywanie reiki powinno być związane ze stosownym wynagrodzeniem, przy czym nie muszą to być koniecznie pieniądze.
Po ponownie przeżytej medytacji doktor Usui doznał znowu olśnienia i opracował pięć Duchowych Zasad Reiki."